Sekolah Dasar Negeri Krajan berdiri pada tanggal 1 Agustus 1966. Pada awal berdirinya sekolah ini terletak di Jalan Pandansimo Km 02. Pada tahun 2003 SD Negeri Krajan mengalami regrouping dengan SD Bayuran 4 dan berlokasi di Krajan, Poncosari, Srandakan, Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta. Di lokasi yang baru, sekolah ini berdiri di atas lahan seluas 2.396 m2. Secara geografis sekolah ini terletak di dekat Pantai Baru, jauh dari berbagai fasilitas umum. Namun demikian, lingkungan sekolah ini jauh dari kebisingan, sejuk, dan rindang karena terletak di tengah desa yang dekat dengan persawahan dan pemukiman penduduk. Hal ini berpengaruh terhadap proses pembelajaran serta adaptasi lingkungan dan sosial budaya bagi peserta didik.
Peserta didik di SD Negeri Krajan memiliki karakteristik yang beragam. Mereka memiliki kemampuan dan pengalaman belajar yang tidak sama. Hampir 90% peserta didik berasal dari daerah di lingkungan sekitar sekolah yang masih kental dengan semangat kekeluargaan dan gotong royongnya. Hal ini membuat kerjasama orangtua dan sekolah berjalan dengan sangat baik.
SD Negeri Krajan merupakan salah satu sekolah yang berdiri di atas lahan yang cukup luas yaitu 2.396 m2. Hampir semua fasilitas sudah dimiliki oleh sekolah ini. Fasilitas yang dimiliki antara lain: ruang kelas, perpustakaan, laboratorium Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK), ruang Usaha Kesehatan Sekolah (UKS), musala, kantin sekolah, dapur, dan halaman sekolah yang cukup luas sehingga mampu mendukung peserta didik untuk mengembangkan potensinya secara maksimal. Selain itu, sekolah juga dilengkapi dengan fasilitas literasi baca tulis berupa gazebo baca yang letaknya strategis, yaitu di dekat pintu masuk sekolah.
Selain berbagai fasilitas di atas, sekolah yang letaknya dekat dengan area persawahan juga merupakan salah satu keuntungan bagi sekolah. Sawah dapat digunakan sebagai sarana sumber belajar bagi peserta didik. Begitu pula dengan posisi sekolah yang tidak jauh dari area pantai selatan. Hal ini dimanfaatkan juga oleh sekolah sebagai sarana sumber belajar maupun tempat melaksanakan berbagai macam kegiatan yang mendukung sekolah.
Kebijakan Dinas Pendidikan Kepemudaan dan Olahraga Kabupaten Bantul yang lebih dulu menggaungkan digitalisasi di semua unsur mulai dari perencanaan melalui Aplikasi Rencana Kegiatan dan Anggaran Sekolah (ARKAS), Evaluasi Diri Sekolah (EDS), pelayanan berbasis online, Asesmen Nasional Berbasis Komputer (ANBK), Asesmen Standarisasi Pendidikan Daerah (ASPD) online, dan lain sebagainya mendorong dan memotivasi SD N Krajan untuk melaksanakan pembelajaran yang mengntegrasikan teknologi informasi serta bersiap untuk proses digitalisasi pendidikan.
